במסגרת עבודתה השוטפת, דואגת רשות הנחל לשמירה על האיזון האקולוגי בנחל ובשיתוף עם רשות הטבע והגנים בחלקו של הנחל המוכרז כגן לאומי, מבצעות השתיים עבודות שיקום להשבת נופי התרבות ונופי הטבע שאפיינו את הירקון וסביבתו בעבר.
במסגרת עבודה זו, שוחזרו ושוקמו חלק קטן מבתי הגידול הלחים שנעלמו מסביבת הירקון בעקבות שאיבת יתר, הושבו מיני צומח לנחל וגדותיו כמו הנופר הצהוב והנימפאה התכולה, מתבצעות פעולות נטיעה של עצי ארץ ישראל מקומיים.
אקליפטוסים – האיקליפטוסים שהובאו במאה ה19 לישראל לטובת ייבוש הביצות. עצם היותם עצים שאינם מקומיים הם בעלי מאפיינים שאינם תואמים את מאפייני הצומח באזורנו. מדובר בעצים עם כושר שרידות גבוה שהתרבו והתפשטו. בעמידותם האיתנה, מנעו התפתחות של צמחיה טבעית אופיינית למערכת האקולוגית, לחי ולצומח של הירקון. בין היתר מתבטאת שרידות העצים בכך שאינם נרקבים, כלומר הם עמידים בפני חיידקים ומיני חרקים האופייניים לאזור הירקון ודואגים לפירוק החומר האורגני. החומר האורגני (העלים וקליפות העצים) שנופל למי הנחל אינו מתפרק וסותם את האפיק, מעשיר אותו בחומר שפוגע באיזון האקולוגי העדין שבנחל ובכך הוא קוטע ומפר שרשרת ומארג מזון אופיינים לבית הגידול. כחלק מתכנית שיקום ארוכת טווח מתבצעת כריתה מבוקרת של מספר עצי איקליפטוס שעל גדות הנחל.
גיזוםבטיחותי –בתחום הגיזום הבטיחותי עוסקת רשות נחל בפעולות גיזום בטיחותי של עצים לארוך הנחל והשבילים וכן בפעולות של נטיעת עצי ארץ ישראל.
נטיעות עצי ארץ ישראל – מידי שנה הרשות נוטעת עצים לאורך גדת הירקון, ויוצרת שיתופי פעולה עם הרשויות לאורך הנחל לשיתוף הקהילה בפרויקטים של נטיעות. התכנית לנטיעות לשנים הבאות היא השלמת מתחמי הנטיעה ושיקום נופי הירקון ההיסטוריים.
טיפולבמיניםפולשים – לאורך גדות נחל הירקון ובפיתולי הנחל קיימים שטחים בהם מינים פולשים (כגון: אקליפטוס, שיטה מכחילה, קיקיון, לכיד נחלים, דטורה, טרקסיה) הפוגעים בבתי הגידול הלחים. הרשות מבצעת הדברה בררנית באופן שוטף מזה מספר שנים. הצורך בהדברה נובע בעיקר מהתפרצות של צמחים פולשים באזורים בהם נעשה פילוח של הקרקע במהלך עבודות בשטח, נטיעות, שריפות וחפירה לתשתיות, אולם יש גם התפרצות ספונטאנית של צמחייה פולשנית באזורים בלתי מופרים. ההדברה מבוצעת מספר פעמים בשנה, בעיקר כשהצמחים צעירים וקטנים ובאופן נקודתי על צמחי המטרה.