בימי קדם היה הנוף היישובי באזור נחל הירקון שונה לחלוטין מזה המוכר לנו היום.
נחל הירקון חוצה כיום את האזור הצפוף ביותר במדינת ישראל, ונתון לתהליכי פיתוח מהירים. לא כך היה הדבר בתקופות הקודמות. הגבעות המשתרעות משני צדיו של העמק שבו זורם הנהר, היו ריקות כמעט מיישוב. כך גם לגבי העמק עצמו, שהיה בוצי ומגודל צמחיית נהר, חסר נתיבי תחבורה נוחים וברובו לא נוח לעיבוד חקלאי.
אגן הירקון ראוי לבחינה גם מבחינת ערכו כציר תחבורה, במסגרת מערכת הדרכים של ארץ ישראל כולה. הדרך העיקרית המכונה "דרך הים", עברה לאורך שוליו המזרחיים של אגן הירקון, ב"מעבר אפק" האסטרטגי הצר, הלחוץ בין המעיינות לבין שולי ההר. הדרך סטתה לאזור זה עקב המחסום הגיאוגרפי שיצרו גבעות החמרה המיוערות, נהר הירקון ודיונות החול, בחלק המרכזי והמערבי של מישור החוף. על כן כמעט שלא היו בנמצא דרכי אורך או דרכים אלכסוניות, שחצו את אפיק הירקון עצמו. במערב, לאורך החוף ממש, עברה דרך בינלאומית נוספת, שחשיבותה היחסית עלתה או ירדה בהתאם לעוצמת היישוב. במשך רוב התקופות ההיסטוריות חצתה דרך זו את הירקון בשפכו, ליד תחנת הכוח רידינג היום.
אתר שבע טחנות – תל אביב-יפו
כאשר החלו ההתיישבות להגיע לארץ, הם פנו, באופן טבעי, לאזורים שלא היו תפוסים ולאזורים שהיה צורך להשקיע מאמץ גדול בהכשרתם להתיישבות – מישור החוף והעמקים הפנימיים. כאן החלה ההתנגשות הראשונה בין הנחלים לבין פעילות האדם, אשר לא התאימה את עצמה לאיתני הטבע ובמקרים רבים אף פעלה נגדה.
עצם המיקום של ריכוזי ההתיישבות הגדולים היה באזורים מישוריים שסבלו מבעיות ניקוז בשל הגיאומורפולוגיה של מישור החוף והעמקים הפנימיים. בתקופות קדומות נבנו מפעלי מים רבים אשר ניצלו את המים אבל חייבו בנית סכרים כדי ליצור את הפרשי הגובה הנחוצים ליצירת אנרגיה. ברוב המקרים לא הוקמו ערים צמוד למפעלי המים אלא במרחקים שבהם רום פני השטח היה גבוה מספיק כדי לא להיות מושפעים מהצפות. הרומאים פעלו לפתרון בעיות הניקוז של נחל פולג, על ידי יצירת תעלות מלאכותיות לניקוז המים.