תכנית "מפעל שיקום נחל הירקון" אשר אושרה על-ידי מועצת רשות נחל הירקון בישיבתה ביום 17.10.2001 על-פי סמכותה ותפקידיה הנובעים מחוק רשויות נחלים ומעיינות, התשכ"ה-1965, היוותה את הבסיס להחלטת הממשלה בדבר תכנית "גאולת הירקון".
מטרת תכנית "גאולת הירקון" היא פיתוח מפעל מים וקולחים משולב לשיקום הירקון, בנית תשתית לאספקת מים מושבים לטבעת ירוקה (בפיתוח) בלב גוש דן, השבה לגינון עירוני, השבה חקלאית (באיכות שלישונית) ובנית חוליה מרכזית במובל הבין אזורי לניוד קולחים.
תכנית "גאולת הירקון ב' " הוסיפה מרכיבים לתוכנית גאולת הירקון המקורית, על-מנת להשלים את תהליכי שיקום המערכת האקולוגית והספקת המים לשימושים נוספים.
התכנית כוללת:
בריכת הנופרים – אליה חברת מקורות מזרימה את הקצעת המים של נחל הירקון, ומשם מתחיל הנחל.
א. הזרמת מים באיכות ובכמות נדרשת באפיק הנחל, על-פי הקצאת נציב המים.
ב. מניעת זיהום מים במעלה הנחל.
ג. השבת מי הנחל לשימוש חקלאי, לגינון עירוני או לכל צורך אחר בתשלום על-פי דין.
ד. ניקוי אפיק הנחל ושיקום גדותיו.
ה. ליטוש איכות הקולחים באמצעות מערכת "אגנים ירוקים" – מערכת מסוג אגנים ירוקים נדרשת כחיץ בין מתקנים לטיפול בשפכים לבין הנחל.